Mанастир Светог Николе сазидан је између 1322. и 1331. године, у време краља Стефана Дечанског, који је цркву и манастир поклонио у посед кнезу Балдовину. Осим што је поклонио цркву, поклонио је и сва права која је она тада имала, као и сву имовину. Цар Душан касније је Светониколски манастир у Врању поклонио манастиру Хиландар, прогласивши га његовим метохом. И управо први писани траг о Хиландару је из 1345. године и потврђује да је манастир Светог Николе као метох поклоњен Хиландару. То је и период од када су цркву почели да посећују и да живе у њој светогорски монаси.
У периоду од 1343.-1345. године поред манастира, Хиландару је поклоњен и цео град Врање са још пет околних села. Тако да су монаси из Хиландара, сходно тадашњем уређењу српске средњовековне државе, убирали порез уместо државе.То су чинили тако што су убирали храну из села за потребе манастира Хиландар.
После Маричке битке 1371. и Косовске 1389. негде око 1402. године монасима Хиландара био је отежан долазак и живот овде, као и превожење робе из ових крајева на Свету Гору. То је био и разлог што су почетком 15. века, 1402.-1403. године, потпуно напустили манастир Светог Николе у Врању. Због тога je од стране српске власти написана нова повеља којом се још једном потврђује да је манастир Светог Николе метох манастира Хиландар. Све то да би се, када се Србија ослободи Турака и када Срби поново дођу на власт, знало да припада Хиландару.
Након одласка монаха и властеле због напада Турака почетком 15. века, не постоје више никакви подаци о животу манастира Светог Николе. Од почетка 15. до 19. века црква је била у рушевинама. Писани трагови и подаци о животу манастира поново се појављују од 1894. године. Такође, сведоче о почетку прве веће обнове цркве, која је почела за време владавине Обреновића, а завршена је у време Карађорђевића, 1905. године. Тада је краљ Петар ослободилац са митрополитом поново освештао цркву и тада је манастир оживео, такође као метох Хиландара. Уз цркву која у то време није имала куполе, саграђен је конак, који је заправо био једна мања кућа за свештеника. У том периоду до другог светског рата, манастир није био активан, већ се духовни живот сводио на редовна богослужења у цркви.
Након другог светског рата када је уништена сва документација о историји манастира, светиња је доживела исту судбину као и већина осталих у Србији. Зна се да су се богослужења обављала само недељом и на храмовну славу, Пренос моштију Светог Николаја, 22. маја. Тако је било више деценија, негде до краја деведесетих, пре него што је покренута још једна обнова ове светиње и то од стране владике Пахомија. Црква је била рушевина. Приликом реконструкције самог црквеног здања дограђена је и купола. Поново су успостављени контакти са манастиром Хиландар. У новије време обнавља се и братство и сестринство и монашки живот је активан, тим пре јер је деведесетих година, саграђен нов конак.
Манастир живи. Света литургија се служи недељом и на велике празнике, кад је црвено слово, када је најпосећенији. На храмовну и славу преноса моштију Николаја Мириклијског, па и 19. децембра, Васкрс, Божић и Богојављање. То је тих пет празника када народ највише долази. Свакодневно се обављају и јутарња и вечерња служба.
Манастирска црква правилно је постављена у правцу исток-запад, са улазима на западном и јужном зиду светиње. Испред главног-западног улаза налази се трем засвођен с неколико лукова, из којег воде степенице за галерију која се налази у цркви. Са северне стране храма налазе се врата која воде у олтарски простор.
Унутрашњост цркве осветљавају по три полукружна прозора, како на јужном, тако и на северном зиду. Зидови у унутрашњости цркве нису живописани. Након најновије обнове у току су припреме за осликавање храма. Олтарски део састоји се од полукружне апсиде која на средини има један прозор, ту су и проскомидија, ђаконикон и часна трпеза.
Иконостас је рађен почетком 20 века . Током обнове манастира завршене су све иконе и свака је дар, тада имућнијих породица у Врању. Датирају од 1901. до 1904. односно 1905. године, када је црква поново и освећена од стране митрополита скопског.
У самој цркви налазе се и веома значајне светиње, као што су мошти и делови одежда појединих светитеља. Мошти се износе на велике празнике, пре свега на манастирску славу, летњег и зимског Светог Николу, као и на дан када се светитељи прослављају.
На улаз у манастирско здање налази се пирг, саграђен по угледу на пирг Светог Саве на Хиландару. Висок је скоро четрдесет метара и када буде био осветљен моћи ће да се види са магистралног пута. Оно што недостаје овој светињи је звоник очекује се да ускоро буде саграђен.
Манастир Светог Николе прави је драгуљ града Врања. У новијој историји, како је заживело монаштво, службе се обављају свакодневно, недељом и празницима. Највише верника је на дан зимског Светог Николе, као и за храмовну славу 22. маја.
Пројекат „За боље сутра“ подржан је од стране града Врања.
